納豆凍干粉是利用凍干技術，通過納豆凍干機將含水發酵后的納豆，經過低溫-45℃冷凍成固體，再在真空環境下不經液化直接稱呼成氣體除去脫水后，再經低溫粉碎成納豆凍干粉。納豆凍干粉制作流程相對簡單，但能極大限度地保留了納豆中的營養活性物質，增加穩定性，方便在常溫下長時間保存，提升納豆經濟價值。

  納豆凍干粉含有納豆菌、納豆多肽、納豆多糖、溶菌酶、纖維素酶、卵磷脂、異黃酮、超氧化物歧化酶（SOD）等多種人體需要的營養物質。納豆凍干粉制作流程是將新鮮納豆清洗，蒸煮、培養發酵、低溫冷凍、真空冷凍干燥、低溫粉碎、過篩、稱重包裝、滅菌、打包等工序。納豆凍干機是由制冷系統、真空系統、循環系統、電控系統和凍干箱體等組成，用于發酵后的納豆進行低溫冷凍和真空升華干燥的脫水設備。納豆凍干機的工作原理是基于水相三態：液態、固體、氣體在不同溫度和真空環境下相互轉換和共存，將發酵的納豆進行低溫冷凍成固體，利用升華原理，在50PA左右的真空環境下使納豆中固體的冰不經過融化直接以水蒸氣狀態除去，得到含水極少的凍干納豆，再經過低溫粉碎后成粉。

   納豆凍干粉是一直在低溫和真空環境下進行加工處理，熱敏性營養物質得到保護，低溫下酶的生長基本停滯，真空環境氧化反應得到遏制，脫水是通過物理過程，所以能保存納豆原有營養活性物質，顏色、分子結構、風味等基本不變。經過納豆凍干機處理加工能提供高價值的納豆凍干產品。